حكومت مغول‌ها و تيموريان : در اوايل قرن 7 ( ه . ق ) مغول‌ها به ايران حمله كردند ، كتابخانه‌ها را سوزاندند و مراكز علمى را نابود ساختند . جانشينان چنگيز خان مغول ، تحت تأثير فرهنگ و تمدن ايرانى ، صاحبان فرهنگ و هنر را به وزارت خود منصوب كردند . بااين‌حال پزشكى در اين دوران پيشرفت چندانى نداشت و بيشتر توجه پزشكان در اين دوران به كتاب " قانون " ابن سينا بود و شرح‌هاى نيز درباره‌ى آن نوشته شد . حكومت صفويان : صفويان بين قرون 10 تا 12 هجرى بر ايران حكومت مىكردند . آنها حكومت مركزى قوىاى را بوجود آوردند و مذهب تشيّع را مذهب رسمى كشور اعلام كردند . در آن زمان الزام به تحصيل علوم دينى قبل از تحصيل ساير علوم ، به صورت يك امر مسلّم درآمده بود . مشتاقان طب مىبايست ابتدا در علوم دينى و فقهى به درجاتى مىرسيدند و پس از آن اگر نيازهاى دنيوى ، آنها را از ادامه‌ى تحصيل بازنمىداشت ، مىتوانستند به مطالعه در علوم طبى مشغول شوند كه عملا از توان ذهنى و جسمى بسيارى از آنها خارج بود . لذا نشر علوم پزشكى در زمان صفويه دوباره به الگوى ايرانيان باستان رجعت نمود و معلومات اين حرفه به صورت سينه به سينه و از پدر به پسر يا استاد به شاگرد منتقل مىشد . البته در اين دوران داروشناسى پيشرفت خوبى داشت و كتاب‌هاى نفيسى نيز در زمينه‌ى طب و داروشناسى تحرير شد . از جمله اين كتب مىتوان به " تحفه " حكيم مؤمن ، " مخزن الادويه " سيد حسين خان شيرازى ، " خلاصه التجارب " محمد حسين نوربخش بهاء الدوله ، معاصر شاه سلطان حسين صفوى كه خلاصه‌اى از آزمايشات بالينى و يكى از مهم‌ترين كتب طبى عصر خود بوده